با اجرای قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان، استفاده از فاکتورهای کاغذی به‌تنهایی دیگر اعتبار مالیاتی ندارد. طبق مقررات جدید سازمان امور مالیاتی، کلیه مؤدیان موظف هستند صورتحساب الکترونیکی فروش خود را از طریق سامانه مودیان ثبت و ارسال کنند تا از نظر قانونی مورد تأیید قرار گیرد.
عدم ثبت فاکتور در سامانه مودیان می‌تواند باعث رد هزینه‌ها، عدم پذیرش اعتبار مالیاتی و اعمال جریمه‌های مالیاتی شود. به همین دلیل، استفاده از نرم‌افزار حسابداری متصل به سامانه مودیان به یکی از الزامات اصلی برای کسب‌وکارها، شرکت‌ها و فروشگاه‌ها تبدیل شده است.
ثبت صورتحساب الکترونیکی علاوه بر کاهش خطای انسانی، موجب شفافیت مالی، افزایش سرعت ثبت اطلاعات و سهولت در گزارش‌گیری مالیاتی می‌شود. این فرآیند به مدیران کمک می‌کند تا کنترل دقیق‌تری بر فروش، درآمد و عملکرد مالی مجموعه خود داشته باشند و از بروز مشکلات مالیاتی در رسیدگی‌ها جلوگیری کنند.
کارشناسان یونیک‌سافت معتقدند حذف تدریجی فاکتورهای کاغذی و حرکت به سمت صدور فاکتور الکترونیکی در سامانه مودیان، نقش مهمی در هوشمندسازی نظام مالیاتی کشور و نظم‌بخشی به فرآیندهای حسابداری ایفا می‌کند.